本篇内容涉及完整剧透…如果还没有看过2016年神奇蜘蛛侠大事件《死亡不再：克隆阴谋》，请仔细考虑后再继续阅读！另外，今年五月才出的后续《克隆阴谋欧米伽》，等到终章的时候我也会进行整理~
梅婶的丈夫，乔纳·詹姆森的父亲杰伊·詹姆森，确认染上遗传性的绝症。在迷茫的彼得等人面前出现的，是代表新优（New U）工业的克拉克森博士。克拉克森博士提出新优一种破格的治疗法，以患者遗传因子的数据制造复制及改良的器官作移植之用。克拉克森把资料交给彼得·帕克研究。为确保新优技术的安全性，彼得拜托徘徊者前往调查。
帕克工业的工厂发生意外，虽然蜘蛛侠成功把被困的员工救出，但员工之一的杰瑞·索特瑞斯却因吸收过多化学药物而引发更多问题。随着情况的紧急，彼得联络新优，希望他们可以帮助杰瑞。在新优的手术下，杰瑞奇迹地复元，但当彼得去探望他时，蜘蛛感应却发出警报。
在这些事发生的时侯，徘徊者在新优总部撞破电王力量被转移的事件，更被新优的幕后首脑胡狼替换成克隆人；章鱼博士本来计划再一次把自已的脑波覆盖到彼得·帕克身上，却因为不能接受另一个自己为彼得牺牲而暴走，在能作出任何行动前便破坏了活脑的身体，留在机械蜘蛛内的意识决定投奔新优。
基于科学家的坚持，彼得反对杰伊接受新优的手术，乔纳因而怪罪彼得。他私下接触克拉克森，克拉克森希望乔纳能以自已的影响力向公众宣扬新优技术的好处；作为谢礼，克拉克森更令乔纳已死的妻子玛拉重生。知道自已时日不多的杰伊让彼得将詹姆森家传的信物取来传给乔纳，但蜘蛛侠的工作却令彼得未能赶及去到医院，以及传达他终于接受新优的决定；当彼得赶到医院时，杰伊已经黯然离世。
在杰伊的葬礼上，乔纳依然为彼得劝杰伊不接受新优的治疗而怪责他。在众多的朋友中，就只有安娜·玛丽亚明白到彼得的行动背后一定有更多原因。两人造访杰瑞的家庭，才知道原来杰瑞在出院后因为没有每天服药产生副作用，后来直接被新优带走；更令彼得担心的是，他在片段中看到杰瑞出现克隆人才有的细胞分解。
彼得换上蜘蛛侠的服装前往新优，发现一个被分解至只剩下血管的杰瑞。他的行动惊动了新优的警卫，也就是犀牛人和新的女电王；战斗延续至其他房间，早已死去N久的格温·斯黛西突然出现；克隆人跟格温的出现，让彼得马上推断出这是克隆狂人胡狼的另一次行动；但就在他将解决所有疑问前，已死的章鱼博士以原本的形象出现，而且攻击了蜘蛛侠。
章鱼博士的回归
蜘蛛宇宙的种种让章鱼博士明白，他终有一天会被彼得套回身体，因此，他把意识储存于机械蜘蛛内，之后更潜伏于恋人安娜·玛丽亚身边的机器人活脑体内。虽然没能再一次夺得彼得·帕克的身体，但章鱼博士已透过活脑知道有关新优复制肉体的能力；他本来打算自已进行复制过程，但盗墓贼的出现却打乱了他的计划。载有章鱼博士意识的机械蜘蛛跟随他的棺木去到新优总部，胡狼如同平时一样，利用章鱼博士的尸身造出新的章鱼博士肉体——也就是当日跟彼得·帕克交换，脑波属于彼得·帕克的那一个。为了抢回自已的身体，机械蜘蛛冲入培养槽，再一次跟彼得·帕克的意识作战；最后他成功杀死意识内的彼得·帕克成份，恢复成完美健康的章鱼博士。新生的章鱼博士接受胡狼的欢迎，更指出他明白胡狼的克隆人每天服药是基于复制技术上的缺点；为自已的身体考虑，章鱼博士决定跟胡狼合作。
彼得的第一个克隆人，现在以猩红蜘蛛名义行动的凯恩，在蜘蛛宇宙事件中变身为蜘蛛怪物，更死在敌人手上。就在事件完结后不久，他的肉身再一次组成，在连接各世界的生命与命运之网中重生。看守生命与命运之网的卡恩不让凯恩回到本来的世界，因为他看到在不同的世界中，克隆人产生的腐烂病毒正把世界推向灭亡。在同样来自异世界的格温蜘蛛侠协助下，凯恩走访不同世界探查腐烂病毒的真相，发现事件的根源跟帕克工业和新优的合作有关。卡恩指出就在凯恩所来的世界中，新优正跟帕克工业接触；为阻止自已的家乡变成另一个被腐烂病毒摧毁的世界，凯恩跟格温蜘蛛侠决定回来自已的故乡世界。
新胡狼的真正身份
胡狼制止彼得跟章鱼博士的战斗，更向彼得介绍他的制成品：彼得作为蜘蛛侠却未能阻止的悲剧，这包括因跟他战斗而死去的反派，或是他未能拯救的亲友，这包括格温·斯黛西。就在彼得被胡狼的劝说所动摇时，乔治·斯泰西的克隆人却认出在他们当中的格温·斯黛西并非克隆人。假扮成格温克隆人的格温蜘蛛侠尝试逃离，彼得也紧随在后。
挟持着格温克隆人的凯恩到地平线实验室跟安娜·玛丽亚等人会合，但安娜·玛丽亚等人未能成功制造出能保持克隆人不变成腐烂病源体的药物。安娜·玛丽亚一行人尝试接触警方，却不知原来警方高层已是新优的成员。犀牛人和电王攻击地平线实验室，成功救回复制格温和凯恩之余，安娜·玛丽亚提出希望跟他们到新优的新基地。当彼得和格温蜘蛛侠赶到地平线实验室时，金并出现并把胡狼的所在地告诉蜘蛛侠。
胡狼曾经接触金并，更把他的亡妻凡妮莎复制复活当成礼物。金并对此感到愤怒，因为胡狼令凡妮莎不能安息；因此他一直让人留意着，更在合适的时间把情报交给蜘蛛侠以换取人情。当蜘蛛侠找到胡狼时，他正跟盗墓贼为一个新的尸体交易；在缠斗中蜘蛛侠发现胡狼的身手跟当年那个胡狼不能相比，这时侯胡狼指出自已并不是其他人以为的迈尔斯·沃伦，而是蜘蛛侠一直以为已死在克隆传说时代的本·莱利。
本·莱利在多年前的克隆传说中确实已死，但在他的身体被完全分解前，一直躲藏着的迈尔斯·沃伦却把部份细胞抽走，并成功重新把本制造出来；跟以往复制技术不同的是，这个新生的复制体拥有直至死亡前一刻的记忆，因此并不需要再重新制造任何假记忆或教导。不过，沃伦并非抱着好心去复制本的。以测试新生复制体的能耐为名，沃伦连续二十多次残杀、再复制本。在这些不断重复的重生和杀害后，本的精神和理智都被推至极端；他逃离沃伦的囚禁，但在杀死他来达到报复目的之前，他想到更残忍的复仇方法。
利用沃伦的技术，本复制了大量的沃伦，更让他们服下防止变成腐烂病源体的药。在恐怖感驱使下沃伦无法判断自已是真身还是复制品，只有跟其他复制沃伦同样成为没有身份，没有尊严被差遣的沃伦克隆人成员。利用复制技术本成立了新优，更为各界机关及政治要员提供他们离世亲人/身体器官的复制品；因此在克拉克森接触彼得一行人之前，他所拥有的人事网络其实已布满全国。而他这次跟盗墓贼交易的尸体，就是预备给彼得的礼物，他人生中最大的遗憾：让本叔叔复生。
摧毁和稳定克隆人的契机
在新优的新总部，章鱼博士把沃伦/本的技术改良，制造出不会腐烂的完美复制素体。电王等人把安娜·玛丽亚带到章鱼博士面前，这对曾经互相吸引的男女终于以真身第一次面对面。厌恶章鱼博士的行径，安娜·玛丽亚跟章鱼博士争吵起来；但在争拗之间两人却发现，电磁波是令克隆人细胞加速腐化/稳定的关键。
彼得跟本回到新优的总部，本向彼得展示透过复制技术制作出来的人可以和平共处。复制格温加入游说彼得的行列，但最后彼得还是拒绝，更指出本一直没有令本叔叔重生是因为本叔叔一定会反对这计划。知道已经没有再跟彼得合作的可能后，本命令手下的克隆人们对付彼得。
回到基地内的实验室，章鱼博士告诉本他跟安娜·玛丽亚在电磁波的发现。本对安娜·玛丽亚身型的轻率言论惹来章鱼博士的怒气，更向本作出攻击；由本的动作中，章鱼博士留意到面具下的又是另一个彼得·帕克的克隆人。潜伏在暗处的格温蜘蛛侠利用这机会现身拯救凯恩，在实验室中跟电王展开混战。愤怒的章鱼博士决定把令克隆人腐化的电磁波发出，新优总部的克隆人马上受到影响。他看见自已的工作被破坏，索性把电磁波受讯范围增幅至全世界；因为在他的眼中，反正这些人死了自已也有能力能把他们复制出来。增幅后的电磁波不单单影响克隆人，更包括跟他们有接触的所有人。
终章
在复制格温的帮助下，彼得赶到实验室；章鱼博士跟本缠斗，安娜·玛丽亚着彼得把她带到乔纳的广播室。利用帕克工业发明的Webware，彼得把相反的电磁源发布，成功制止世界各地的腐化继续。可是在新优总部的克隆人却没有这么幸运，犀牛人的妻子、一众沃伦克隆人、格温父女、乔纳妻子玛拉等都被腐化成灰；根据实验室内的衣物来看，章鱼博士跟本也难逃腐化的命运。一直真心相信新优是帮助别人的克拉克森现身，并带蜘蛛侠等救回被冷藏的各“原版”——这包括徘徊者，以及依然有器官问题的杰瑞。
事实上，本跟章鱼博士都没有跟其他克隆人一样腐化。击倒章鱼博士的本打算把意识转移到完美复制素体身上，但被偷袭的章鱼博士占了先机；虽然成功阻止自已身体的腐化，但很明显，整个新优计划已经失败。回到秘密基地安全屋，本却遇上因目睹其他复制体腐化而知道自已才是真品的迈尔斯·沃伦。两人在安全屋中展开打斗，沃伦不断以言语攻击本只是克隆人这一点。这令本下定决心要舍弃彼得·帕克的一切，他任由沃伦被困在陷入火海的安全屋中。在克拉克森的金钱支援下，他决定到其他地方重新开始。
